کلر يک عنصر گازي است که به صورت يون – Cl توسط گياه جذب مي شود و علاوه بر تنظيم اسمزي، نقش بيوشيميايي در گياه دارد. کلر در تجزيه مولکول آب در فتوسيستم II فتوسنتز دخالت دارد. کلر برای آزاد کردن اکسیژن به هنگام فتوسنتز لازم است و کمبود کلر باعث پژمردگی گیاه می گردد. در خاک ، یون آن بصورت Clx موجود است که به راحتی قابل استفاده گیاه می باشد. چندين آنزيم از قبيل ATP از، آلفا آميلاز و آسپارژين سنتتاز جهت فعاليت به يون کلر نياز دارند. در ارتباط با نقش کلر در تنظيم اسمزي مي توان گفت هنگامي که نمکها از جمله – Cl در سلول تجمع مي يابد يک شيب پتانسيل آبي در سلول بوجود مي آيد که باعث وارد شدن آب به داخل سلول مي شود و اين امر آماس سلول را افزايش مي دهد. اگر سلول مربوطه يک روزنه باشد اين فرايند هنگامي که آب به داخل سلول هاي محافظ وارد مي گردد به باز شدن روزنه کمک مي کند. به دليل پويايي زياد يون کلر و قابل تحمل بودن غلظت هاي بالاي آن ظاهراً يوني مناسب جهت حفظ تعادل بار الکتريکي زماني که کاتيون هايي نظير + K از غشاي سلولي انتقال مي يابند، مي باشد. نياز گياهان به کلر براي فعاليت هاي بيوشيميايي بندرت بيش از 100 ميلي گرم در کيلوگرم ماده خشک گياهي مي باشد.هر چند کلر معمولاً در غلظت هاي خيلي زياد 2000 تا 20000 ميلي گرم در کيلوگرم وجود دارد.

علائم کمبود کلر

مانند ساير عناصر، کمبود از گياهي به گياه ديگر متفاوت است پژمردگي نوک پهنک برگ و سپس سبز زردي، برونزه شدن و بافت مردگي متداولترين علايم کمبود کلر هستند. همچنين محدود شدن رشد ريشه همراه با ريشه هاي جانبي و ضخيم و کوتاه و سرچماقي شدن از ويژگي هاي کمبود کلر مي باشد. در جو ممکن است برگها به صورت لوله اي، و پيچيده طويل تر از برگهاي طبيعي و داراي رشد کمتر و نسبت به برگهاي طبيعي شکننده تر گردند. در سيب زميني رنگ برگها، سبز روشن شده و داراي ظاهري زبر و خشن مي شوند (با برآمدگي هاي عمودي در سطح بالايي). در درخت نارگيل با کمبود کلر، برگهاي پير زردرنگ و يا داراي پيسه (Mottling ) نارنجي مي شوند و نوک و کناره برگها خشک مي شود.